Nel sistema separato, le acque di scarico vengono raccolte separatamente dall’acqua piovana. Le acque di scarico giungono in un IDA centrale per essere depurate, prima di tornare a scorrere in un corso d’acqua. Per l’acqua piovana esiste un sistema di canalizzazione separato. Se non è inquinata, viene anch’essa immessa in un corso d’acqua.

Dove è possibile, oggigiorno si cerca però lasciare nuovamente infiltrare l’acqua piovana non inquinata nel terreno, meglio ancora proprio dove è caduta. 

Nel sistema misto, le acque di scarico sono convogliate all’IDA con l’acqua piovana. Sono le cosiddette acque miste. Questo sistema viene ad esempio adottato quando non sono disponibili corsi d’acqua per lo scarico dell’acqua piovana.

In caso di forti piogge, la quantità di acqua piovana supera evidentemente quella delle acque di scarico. In situazioni del genere, per evitare di sovraccaricare la rete fognaria e gli IDA, le acque miste in eccesso devono essere deviate per breve tempo direttamente verso i corsi d’acqua attraverso scaricatori di piena (sfioratori e bacini di ritenzione).