Le nettoyage biologique permet en fait de bien éliminer les polluants organiques. Cependant, des substances indésirables comme l'ammonium, qui peuvent provoquer une grande consommation d'oxygène ou le phosphore, restent dans l'eau, souvent à de plus fortes concentrations.

On a réussi au cours de ces dernières décennies à intégrer à l'épuration des eaux de nombreux procédés de nettoyage supplémentaires pour éliminer ces substances. Les procédés les plus importants sont la nitrification (élimination de l'ammonium), l'élimination physique ou biologique du phosphore et la dénitrification (transformation du nitrate en azote). 

Les stations d'épuration, même si elles sont de la dernière génération, ne peuvent pas tout faire: les micropolluants ne peuvent y être éliminés que très partiellement.

Ces micropolluants sont contenus dans de nombreux produits de la vie quotidienne, par exemple les médicaments, les détergents ou les produits de soins. Ils ne sont certes présents qu’en faibles concentrations dans les eaux usées ou les cours d’eau, mais sont nocifs pour les organismes aquatiques et peuvent même pénétrer durablement dans les ressources d’eau potable.

Nouvelle réglementation de la loi sur la protection des eaux

La Confédération va ainsi mettre en vigueur en début 2016 une modification de la Leaux et de l'ordonnance correspondante. Il est prévu que jusqu'en 2040, près de 100 STEP en Suisse devront être équipées d'un niveau d'épuration supplémentaire pour éliminer les micropolluants. En vue de cette épuration supplémentaire, on envisage entre autres l'ozonisation, une technique qui a fait ses preuves depuis longtemps dans le traitement de l'eau potable.