Confédération
La Confédération édicte la loi sur la protection des eaux ainsi que l'ordonnance correspondante. Elle y décrit divers instruments incitatifs.
Cantons
Les cantons sont responsables de l'application de la législation fédérale. En tant qu'autorité de surveillance, ils contrôlent entre autres la performance d'épuration des STEP et précisent les exigences posées au PGEE. Les autorités cantonales définissent également les indications concrètes pour l'infrastructure des eaux usées (p. ex. emplacement des STEP centrales).
Communes
En Suisse, les communes sont généralement responsables de l'évacuation des eaux usées - et il leur incombe l’exécution de cette tâche publique. La très grande partie des canalisations publiques (près de 90 %), appartient aux communes. Le PGEE est l'instrument essentiel pour la gestion de cette précieuse infrastructure.
L'exploitation d'une STEP étant toutefois une tâche complexe, la plupart des communes se sont organisées dans des associations intercommunales, qui exploitent une STEP en commun. Les grandes conduites d'alimentation vers la STEP, auxquelles plusieurs communes sont raccordées, appartiennent également à ces associations intercommunales.
Les coûts de l'évacuation des eaux usées se composent d'un investissement de base unique et des coûts annuels d'exploitation et d'entretien des canalisations et de la STEP. La perception de l'ASPEE pour l'année 2010 se base sur un coût annuel d'une évacuation des eaux usées de 2,2 milliards de francs.
Cette somme peut à première vue paraître élevée. Mais comparés à l'utilité que l'évacuation des eaux apporte à la société et à l'environnement, ces frais sont très bas. Les eaux usées sont évacuées, épurées et remises en circulation pour moins d'un franc par jour et par habitant. En outre, le niveau des taxes d'épuration est à peu près identique à celui des pays voisins, l'Allemagne et l'Autriche, qui présentent un niveau d'évacuation des eaux usées comparable.